Das Bajoranische Militär ist der militärische Arm der bajoranischen provisorischen Regierung, dessen Mitglieder fast alle zum bajoranischen Widerstand gehört haben und während der Besetzung gegen die Cardassianer gekämpft haben.
Die Struktur ist ähnlich der Erd-Armee, ebenso mit ähnlichen Rängen. Offiziere des Militärs werden normalerweise an der Bajoranischen Militärakademie ausgebildelt, jedoch werden viele der Offiziere durch Sondererlässe wegen ihrer Verdienste im Widerstand ohne die nötige Ausbildung in das Militär aufgenommen.
Das Militär arbeitet gemeinschaftlich auf DEEP SPACE 9 mit der Sternenflotte zusammen. Von 2369 bis 2375 wird die Station von einem Sternenflotten-Kommandant und seinem Ersten Offzier, ein Mitglied des Militärs, geleitet. Als der Kommandant der Station, Captain Sisko, 2375 verschwindet, übernimmt der bis dahin Erste Offzier, Kira Nerys, das Kommando.